Algunos hongos tienen la capacidad de persistir, desafiando al tratamiento empleado para curarlas y produciendo infecciones duraderas. En muchos casos, un accidente localizado es el factor clave, como por ejemplo una lesión corneal que da lugar a una queratitis fúngica o una inoculación cutánea traumática de un hongo que es capaz de causar un micetoma o una esporotricosis. Un factor de riesgo muy importante, para que se produzca una aspergilosis pulmonar crónica es una enfermedad pulmonar previa, pero se desconoce si esto es necesario para que se produzca una infección crónica de los senos paranasales. En algunos casos el hongo es un patógeno primario como por ejemplo, Histoplasma capsulatum o Coccidioides immitis. La infección primaria no es resuelta satisfactoriamente y da paso a una infección e inflamación crónica.
En esta sección se han incluido la queratitis fúngica y la bola fúngica de los senos paranasales por conveniencia, ya que este apartado se ocupa de pacientes sin inmunocompromiso a diferencia de las enfermedades tratadas en el apartado de infecciones fúngicas invasoras.
Es probable que haya factores genéticos que sean determinantes en la persistencia de la infección fúngica que lleva a la cronicidad de la misma.
Las infecciones fúngicas crónicas y destructivas mas frecuentes son: