La detección de patógenos fúngicos causantes de infecciones respiratorias presenta desafíos debido a la baja sensibilidad del cultivo y al umbral de detección de los métodos basados en PCR. La incorporación de secuenciación de nueva generación (NGS, por sus siglas en inglés) como una herramienta diagnóstica de rutina podría limitar estas dificultades.
Un nuevo estudio (Yin et al, 2024) pone en evidencia que la NGS en lavado broncoalveolar (LBA) mejora significativamente la detección de patógenos fúngicos en comparación con las pruebas microbiológicas convencionales (PMC), con tasas de detección de 56,8%, 73,8%, 76,7% y 70,5% para PMC, NGS dirigida basada en PCR multiplex (mp-tNGS), NGS dirigida basada en captura de hibridación (hc-tNGS) y metagenómica (mNGS), respectivamente.
Es de particular interés el aumento significativo de la sensibilidad demostrado por mNGS, mp-tNGS y hc-tNGS en la detección de Aspergillus fumigatus en comparación con la prueba de galactomanano. Esto sugiere que la NGS es más eficaz en casos de probable aspergilosis pulmonar invasiva, en los que el diagnóstico por métodos convencionales es insuficiente. Además, el tiempo de procesamiento por NGS es considerablemente menor que el de los cultivos de hongos, lo que ofrece a los clínicos una respuesta rápida para instaurar el tratamiento adecuado. Sin embargo, es necesario ser cuidadosos en distinguir colonización de aspergilosis invasiva.
Una ventaja fundamental de la NGS es la capacidad de identificar varios patógenos en una única prueba, ofreciendo visión diagnóstica más amplia en infecciones complejas. Esto es particularmente útil en pacientes inmunocomprometidos o críticos, en los que las coinfecciones son comunes.
Sin embargo, los autores advierten que, aunque la NGS es una herramienta prometedora, su costo, requerimientos técnicos y la necesidad de mayor estandarización podrían limitar su adopción inmediata en todos los ámbitos clínicos. Recomiendan realizar estudios a mayor escala, multicéntricos, para validar sus hallazgos y explorar la costo-efectividad.
Este estudio representa un paso significativo hacia el diagnóstico de las infecciones respiratorias y podría abrir el camino para implementar estrategias de tratamiento antifúngico más personalizadas y oportunas en poblaciones vulnerables.
Además de este estudio inicial, otros estudios realizados en China han confirmado la alta sensibilidad de la NGS y su menor tiempo de respuesta en comparación con las PMC [Siqiang Niu et al, 2024; Hansheng Wang et al, 2025].
